はじめまして。
ご指摘の通り、新事業進出補助金では、専門家経費の補助上限額は 100万円です。
コンサルティング費用が中小企業診断士を指すのであれば、公募要領には「１日４万円以下」とあります。

高額な成功報酬ですが、上限は100万円と決まっていますので、それを超えた分については、自己負担で計上し、業務内容の妥当性が事業計画書で示されれば、高額だからという理由で直ちにそれを補助対象外とする決まりはないと考えます。
むしろ、100万円未満の専門家経費についての価格の妥当性は問われると考えます。
不透明な契約は、不適切な行為の例として警告されているため注意が必要です。

はい、お困りのことがあれば、ぜひご相談ください。