こんにちは。
経験上、「理由書」「価格の妥当性を示す書類を提出」などの代替書類を提出しても効果はないと考えます。

なぜなら、新事業進出補助金の「価格の妥当性」は、取得した相見積もりの価格差を以って証明することが前提になっているからです。

ただし、例えば、特許権で守られている製品サービスを購入する経費であれば、その特許に一致する出願内容、出願番号や文献番号が示された見積書や証憑が提出され、世界で唯一であるということが認められれば、見積書が1者のみであっても審査対象になる可能性はありますが、事務局の審査基準次第になりますので断言はできかねます。

このようにほとんどの場合、認められないと考えた方がよいです。