こんにちは。
詳細が分かりかねますので「応募申請時点で文科省等の許認可を取得」が必要であるかを明言することはできかねますが、新事業進出補助金では、「新規事業の有望度」の審査で判断されると考えます。

「免許・許認可等の制度的な参入障壁をクリアできるか。」と記載されていますので、取得できるのであれば事前に取得することは問題なく、事業実施期間中に取得できるものであれば、免許・許認可等の制度的な参入障壁をクリアできる説明（許認可を取得できる算段）を事業計画書に盛り込む必要性があります。
また、事業化に至るまでの遂行方法、スケジュールや課題の解決方法が明確かつ妥当であれば、取得見込みでも申請自体は可能でしょう。