こんにちは。
新事業進出補助金の補助事業の手引きには、「個人払いについては、源泉徴収を行ってください。ただし、徴収義務の有無や税率については、所管の税務署に確認するとともに、法令にのっとり適正に対応してください。」とありますので、専門家への報酬が個人払い（フリーランス等）である場合は、源泉徴収を行いましょう。