こんにちは。
新事業進出補助金の公募要領には、「補助事業実施期間終了後に、「（１）中小企業者」及び「（３）特定事業者の一部」の表における従業員数、資本金額を超えることとなった事業者及び「9.みなし大企業」のいずれかに該当することとなった事業者は補助対象外となりません。」とありますので、補助事業実施期間終了後に中小企業者の定義（従業員数、資本金額）を超えることとなった場合や、みなし大企業に該当することとなった事業者は、補助対象外にならないと考えます。