こんにちは。
はい、そうですね。
事業再構築補助金は、フリーフォーマットでしたから大きな変化と言えます。
新事業進出補助金では、事業計画書の提出形式については、事業計画書の作成に提供されている「事業計画テンプレート」は、あくまでも申請内容を準備するために活用することを目的としているようです。
実際の申請は電子申請システムでのみ受け付けられ、準備した内容を別途システムに入力する必要があります。
ただ、申請が煩雑ですので入力漏れ・ミスが生じる可能性もありますので、念のために、Wordで作成した事業計画書をPDFファイルに変換して申請時に添付しておくことをおすすめします。