こんにちは。
新事業進出補助金の補助事業の手引きでは、「応募申請時点の従業員数が交付申請時に減少した場合は、減少した従業員数の補助金額の上限を適用することとなります。」とありますので、交付申請時に減少した場合は、減少した従業員数の補助金額の上限を適用することとなります。
また、従業員数が増加した場合であっても、補助上限額は変わりません。