こんにちは。
新事業進出補助金の公募要領に「PayPayやPayPalなどの決済サービスは銀行振込とみなされません」と明記されていますので銀行振込に徹した方がトラブルがないと考えます。
どうしても必要であれば、事前に事務局に相談することをお勧めします。