こんにちは。
はい、新事業進出補助金の公募要領には、「経済性の観点から、可能な範囲において複数の見積もりを取得し、その中で最低価格を提示した者を選定（一般の競争等）してください。」とありますので、最低価格を選定する必要があると考えます。