こんにちは。
新事業進出補助金の公募要領には「親会社が議決権の50％以上を有する子会社が複数存在する場合、親会社と複数の子会社は全て同一事業者とみなし、このうち１社のみでの申請しか認められません。」とありますので、「議決権を50％以上保有する」のであれば、申請できるのはそのうち1社のみです。