こんにちは。
はい、新事業進出補助金の公募要領には「事業計画期間最終年度における一人当たり給与支給総額の年平均成長率や事業計画期間最終年度における給与支給総額の年平均成長率がゼロ若しくはマイナス成長の場合は、全額返還となります。」とありますので、ゼロ若しくはマイナス成長の場合は、全額返還となるでしょう。