こんにちは。
結論としては、「1次産業としてみなされる」と考えます。

その理由としては、日本標準産業分類の「大分類Ｂ－漁業」に「漁船内で行う製造、加工は漁業活動の一部とみなして本分類に含まれる。」とあるからです。
新事業進出補助金は、日本標準産業分類に準じていますので恐らくこの一文を以って、1次産業であると判断される可能性が高いです。