こんにちは。
新事業進出補助金では事前に申請すれば可能であると考えます。
ただ、個人事業主として創業から1年以上経過し、新しい会社がその事業をまるまる承継する形で法人成りしないと逆に難しいかもしれません。

さらに、補助事業実施期間中ですと、取得する様々な書類の宛名や、支払い関係の名義が、個人事業主と法人で混在してしまうと審査がとても煩雑になり、大幅な遅延に繋がりますので注意が必要です。
ご都合もあるかと思いますが、補助事業実施以前に法人成りされた方がよいかもしれません。