こんにちは。
新事業進出補助金では、製造を外部に依頼されても、完成したその機械は補助事業者の減価償却資産となりますので、「機械装置・システム構築費」に計上することになると思います。

外注費に計上できるものは実はすごく限定的で「検査・加工・設計」のいずれかに該当しないと計上することができません。