こんにちは。
「同じ公募回で、複数の事業計画を申請」というのは、１つまたは関連会社が申請するという状況下であると考えますが、その場合、新事業進出補助金の公募要領のみなし同一事業者では、「親会社が議決権の50％以上を有する子会社が存在する場合、親会社と子会社は同一事業者とみなし、いずれか１社のみでの申請しか認められません。また、親会社が議決権の50％以上を有する子会社が複数存在する場合、親会社と複数の子会社は全て同一事業者とみなし、このうち１社のみでの申請しか認められません。」とありますので、同一事業者（みなし同一事業者を含む）が今回の公募で複数申請を行っている事業は不採択になると考えます。