こんにちは。
新事業進出補助金の公募要領の「補助対象外となる経費」に「同一事業者の部署間の支払い（機械装置等の社内発注、社内製造についても、同一事業者内における支払とみなして対象外）」とありますので、部署間で見積もりを取られてお支払いになるのであれば、補助対象外になると考えます。