こんにちは。
システムの規模が大きいとそういう支払い方をしていされることがよくありますね。
結論としては、分割払いの全てを「補助事業実施期間内に完了」している必要があります。
新事業進出補助金では、一部でも未完了の支払いがある場合、当該契約に含まれる全ての経費が補助対象外となります。