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新事業進出補助金の公募要領の「知的財産権等関連経費」では「本補助金における補助事業の成果に係る発明等ではないものは、補助対象になりません。また、補助事業実施期間内に出願手続きを完了していない場合は、補助対象になりません。」とありますので、補助事業実施期間内に出願手続きを完了していない場合は補助対象外になると考えます。