こんにちは。
新事業進出補助金の「補助事業の手引き」に「応募申請時に事業計画書の作成等を支援した認定経営革新等支援機関等の外部支援者に対する経費は、専門家経費の補助対象外とします。」とありますので、指導を依頼することは問題ないと思いますが、その対価を計上することはできないと考えます。