こんにちは。
そうですね、「会計処理を分ける」という内容が分かりかねますので、これは顧問税理士さんに相談したり、事務局に直接質問した方がよいと思います。

なお、新事業進出補助金では「補助事業に係る経理について、その収支の事実を明確にした証拠書類を整理し、補助金を受給した年度の終了後５年間保存しなければなりません。」というルールがありますので併せて対策が必要です。