こんにちは。
新事業進出補助金では、契約（発注）先１件あたりの見積額の合計が50万円（税抜き）以上になる場合は、３者以上の同一条件による見積もりを取得することが必要です。
同一メーカーの販売代理店からの見積もりであっても、それぞれの企業がみなし同一事業者でなければ、競争原理が働くと思料しますので、これを禁ずるルールは直接的にないと考えます。