こんにちは。
はい、新事業進出補助金では、審査の結果次第では、計上された経費が補助対象外と判断されるときは、交付決定額が減額または、全額対象外となる場合があります。

このようなことが起きるのは、応募前に何が対象になり、何が対象外となってしまうのかを知らずに計上してしまうのが一番の原因です。