こんにちは。
新事業進出補助金では、100万円（税抜）以上のシステム構築費を計上する場合、要件定義書は「実績報告」の時に提出が必要です。

交付申請の段階では、提出できれば出してください。ぐらいです。
ただ、参考様式6-2または6-3に則した書類や情報を提出する必要があります。
手引きには「価格の妥当性を証明するパンフレットや見積提案書・仕様書等を提出してください。」と示されています。